二、现阶段农村综合改革面临的主要问题
近年来，农村综合改革取得显著成绩的同时，二元经济结构下多年积累形成的乡镇政府职能转变滞后，财权事权不对应，农村公共服务供给不足，基础设施建设滞后等，制约着农村经济社会发展，也是深化农村综合改革亟需解决的问题。
(一)基层行政管理体制运行不畅，一定程度上制约了农村经济社会发展
农村基层行政管理体制中一直存在着机构改革进展不均衡、乡镇政府职能转变滞后等问题。税费改革后，虽然乡镇政府机构臃肿、人员过多的状况有所缓解，但事权与责任不对应，职能边界模糊等问题仍很突出。许多地方的村集体经济薄弱，村级组织也存在着运转经费紧张、干部队伍老化、凝聚力不强、威信不高等问题，村级组织功能难以有效发挥。加之，基层政权组织对农民的政策引导与扶持不足，部分农民权益未能得到有效保护。
(二)覆盖城乡的公共财政体制不健全，农村社会事业发展滞后
由于公共财政对城乡支持力度差距较大，导致农业、农村基础设施建设滞后，与农民生产生活密切相关的农田水利、乡村道路、饮水供电等设施建设条件较差，农民“行路难、用电难、饮水难”问题难以在较短时间内得到妥善解决；加之教育、公共卫生、社会保障和社会救助等资源在城乡配置上存在明显差距，农民在上学、看病、养老、医疗和社会救助等方面存在的问题很难得到根本解决。
(三)城乡要素市场配置不均衡，市场服务体系不健全，难以满足农业农村发展需要
一方面，农民仅拥有土地、房屋、林地等主要农业生产资料的经营权与使用权，缺乏所有权、转让权等权益，生产资料适度集中经营与利用率低，城乡要素市场配置不均衡，收入分配机制不合理，相关法律制度建设滞后等问题较突出，农民权益难以得到有效保障。另一方面，农村社会化服务体系建设滞后，农村中介组织、农民合作组织等发展缓慢，农民享受社会性和公共性服务比较难。农村金融服务难以满足农业农村经济社会发展需求，农村资金外流严重，大量农户、中小企业、基础设施建设所需的信贷资金得不到有效满足，很大程度上制约了农业、农村发展的动力、活力。
