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卫生部门最熟悉医院的“猫腻”，谈判能力很强，可以把每个病种的费用压到最低，倒逼医院控制成本，确保新农合资金最大限度用在农民身上
在河南省胸科医院，记者见到正在结账出院的蔡全胜。他是河南省民权县尹店乡苏庄村人，因患肺结核住院3个多月，医疗费一共是3.9万余元，实际报销2.5万余元。根据规定，凡是新农合政策报销范围内的项目，省级医院可以报销70%。在蔡全胜的费用清单上，记者看到：药品总费用27375元，其中自费药仅25元；诊疗总费用为11797元，其中自费项目支出为1347元。
患者的自费项目支出为何这么少？河南省胸科医院院长苑星说：“自从新农合支付制度改革以来，医院再也不能乱开药了。如果患者自费项目比例超标，医院就得自己买单。”
近年来，虽然新农合的住院报销比例提高了，但由于过度医疗无法遏制，医生盲目增加自费项目和药品，农民的实际医疗费用支出并未降低，甚至抵消了医保的补偿。
今年以来，为了控制医药费用的不合理增长，河南省对省级新农合定点医院实行“双控”制度。与上年度相比，次均住院费用增长幅度不得超过3%，超出部分由医院全额承担；年度内新农合目录外药品费用所占比例不得超过当年药品费用的15%，如果超出标准，超出部分的药品利润全部扣除。
自6月1日起，河南省在市、县、乡三级医疗机构全面推行新农合住院费用总额预付制度。新农合部门和各医疗机构建立谈判机制，协商确定预付总额，按照激励与约束并重的原则，鼓励医疗机构规范医疗行为，降低服务成本。在服务内容不减、服务质量不降的前提下，对有结余的医疗机构给予奖励，对超出预算总额的医疗机构予以处罚。
河南省卫生厅要求，严格控制次均住院费用增长幅度和平均床日费用增长幅度，市级医疗机构不得超过5%，县级医疗机构不得超过8%，乡级医疗机构不得超过10%。严格控制目录外药品和诊疗项目费用所占比例，市级医疗机构不得超过10%，县级医疗机构不得超过5%，乡级医疗机构不得使用目录外药品和诊疗项目。
河南省卫生厅农村卫生管理处处长王耀平认为，“总额预付费”和“总额控费”是两个概念，前者是一种复杂的支付制度改革，而后者是一种粗放的预算式管理。实行总额预付费制度，必须同步推进临床路径管理、单病种付费等一系列改革，否则就会造成医院在医保资金额度用完后拒收病人。
“卫生部门最熟悉医院的‘猫腻’，谈判能力很强，可以把每个病种的费用压到最低，倒逼医院控制成本，确保新农合资金最大限度用在农民身上。”王耀平说。
河南省卫生厅厅长刘学周认为，开展支付制度改革不是简单地改变费用支付方式，而是在保证医疗质量的前提下控制费用。实行总额预付费制度后，医疗机构可能由“争病人”转向“推病人”，由“服务过度”转向“服务缺失”，卫生部门的监管方向也要随之改变。卫生部门既管新农合资金，又管医疗机构，具有“一手托两家”的优势，可以充分利用新农合支付制度对医疗机构的影响力、约束力、调控力，实现提高医疗质量和控制医疗费用的双赢。
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卫生部门“一手托两家”，既能充分考虑“两家”的利益诉求，又能有效抑制“两家”的矛盾冲突，有利于实现满足医疗服务需求和控制医疗费用的平衡
有一种观点认为，卫生部门既管新农合资金，又管医疗机构，是“老鼠守粮仓”，自己怎能管好自己呢？
而另一种观点则认为，卫生部门既管医疗保险，又管医疗服务，可以统筹协调二者关系，避免两个部门分别管理导致的利益博弈。
卫生部部长陈竺曾形象地说，医疗保障和医疗服务之间并不是互相掣肘的关系，而是共同服务于健康改善的关系。如果比作一个人挑担子，那么这个人的目标就是改善健康。一副担子只有挑在一个人的肩膀上，才能更好地兼顾两个筐的平衡。因此，新农合的管理模式又被称为“一肩挑”。
美国著名经济学家弗里德曼曾把人类的经济活动分为四类：第一类是“花自己的钱，办自己的事”，第二类是“花自己的钱，办别人的事”，第三类是“花别人的钱，办自己的事”，第四类是“花别人的钱，办别人的事”。其中，第一类花钱最少、效率最高；第四类花钱最多、效率最低。而卫生部门管理新农合资金就属于第一类。
浙江省卫生厅副厅长徐润龙说，守粮仓的老鼠之所以偷粮，根本原因是由于粮仓不是老鼠的。否则，老鼠肯定能看好自己的粮食，合理取用。集医疗保障与医疗服务于一体的管理体制，从财政角度看，应该是强化了医保资金的预算管理；从支付方式改革的角度看，可以理解为一种更高层次的总额预付制度，这也是国际上先进国家医保制度的发展趋势。
北京大学医学部主任助理、公共卫生学院教授吴明认为，医疗保障与医疗服务管理分离，客观上形成了两个部门之间的博弈，在缺乏政府多个部门有效合作激励机制的前提下，不利于在改善患者健康的同时控制不合理的医疗费用。由于社保部门缺乏行政管理手段，一些医疗机构利用信息不对称的垄断地位与社保部门“讨价还价”，将责任转移给社保部门，有的甚至推诿病人，把风险转嫁给患者。医保部门更为关注资金的收支平衡，没有把控制医保费用与改善患者健康有机结合起来。在管理新农合的过程中，卫生部门可以采用有效的支付方式，结合对定点医疗机构的综合考评，促使医疗服务行为规范化，控制医疗费用的不合理增长。
中国社科院劳动社会保障研究中心主任王延中认为，卫生部门“一手托两家”，既能充分考虑“两家”的利益诉求，又能有效抑制“两家”的矛盾冲突，不偏不倚，引导供需双方的行为向着合理的方向发展，有利于实现满足医疗服务需求和控制医疗费用的平衡。
一项调查显示，在全球126个国家中，有117个国家的医疗服务和医疗保障由一个政府部门统一管理。即使少数医疗服务和医疗保障仍然分离的国家，也出现了由医疗保障基金自办医疗机构并提供服务的自我合并趋势。专家认为，所谓的“第三方付费”模式，在提高医疗卫生管理水平、控制医疗费用等方面并没有明显优势，反而由于管理分离而造成掣肘。因此，由卫生部门统一管理医疗保障和医疗服务已成为国际主流。
卫生部卫生发展研究中心研究员王禄生认为，新农合之所以能够用很低的成本投入实现相对较高的保障目标，一个重要的原因就是卫生部门充分利用自身的专业优势，根据筹资水平的增长及时调整补偿方案，并有重点地提高儿童白血病、先天性心脏病等重大疾病的保障水平。特别值得强调的是，新农合从一开始就规定：基金累计结余率不超过当年统筹基金总额的25%，当年结余率不超过当年统筹基金的15%，从而使绝大部分基金用在农民身上，最大限度地满足其医疗服务需求。
吴明认为，医保基金补偿已经成为各级公立医院收入的最重要部分。将医保基金与政府投入通盘考虑，有助于公立医院补偿机制转换，逐步解决“以药养医”的顽疾，使公立医院回归公益性。卫生部门在管理医疗服务的同时管理医保基金，可以将支付方式改革与临床路径、质量管理以及对医院和医生的激励紧密结合，实现提高医疗质量、控制费用不合理增长的综合目标。
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在很多经济发达地区，新农合与城镇居民医保的人均筹资水平和补偿水平接近，城乡居民身份界限不复存在，这两类医保制度可以率先“并轨”
记者在河南省新郑市调查时发现，很多中小学生存在重复参保现象。
崔丽娜是新政一中的高中生，家住辛店镇黄冈村，农村户口。去年底，她家以户为单位参加新农合，每人交纳了50元。与此同时，按照新郑市人力社保部门的要求，她又以学生身份交了30元参加城镇居民基本医疗保险。据不完全统计，今年新郑市共有6000多农村居民重复参合保，其中大部分是中小学生，占新农合参合人员总数的1%以上。
河南一些城镇居民还反映，城镇居民医保缴费比新农合高，但报销水平、方便程度都不如新农合，因此纷纷要求参加新农合。但是，由于户籍不同，新农合无法吸纳这些城镇居民。
我国已经建立了覆盖城乡居民的基本医疗保障制度。目前，这项制度分为三大“板块”：城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险、新农合。卫生部门管理新农合，人力资源和社会保障部门管理城镇职工基本医疗保险、城镇居民基本医疗保险，民政部门负责医疗救助。
王禄生认为，建立统一的“全民医保”制度是大势所趋，但由于城镇职工医保制度的筹资水平远远高于其他两项制度，因此三大“板块”合一的时机还不成熟。目前，在很多经济发达地区，新农合与城镇居民医保的人均筹资水平和补偿水平接近，城乡居民身份界限不复存在。因此，在部分经济发达地区，整合这两大“板块”的条件已经具备，这两类医保制度可以率先“并轨”,实行“2＋2”的制度并轨模式。具体而言，在农业人口比重较大的县域地区，新农合制度板块大，城镇居民医保板块小，可以将城镇居民医保并入新农合，实行“新农合＋城镇职工医保”两个板块的城乡基本医疗保障制度；在城市化程度较高的省会或地市城市，城镇居民医保板块大，新农合制度板块小，可以将新农合并入城镇居民医保，实行“城镇居民医保＋城镇职工医保”两个板块的城乡基本医疗保障制度。这种做法符合“大数法则”，有利于增强医保基金的抗风险能力和降低管理成本。
2008年，浙江嘉兴将新农合与城镇居民医疗保险两制合一，建立了“城乡居民合作医疗保险制度”，农村居民和城镇居民在筹资数量、补偿水平、报销方式、保障待遇等方面实行统一标准。为了避免多头管理、利益博弈、资源浪费，嘉兴市采取卫生部门既管医疗保险又管医疗服务的“一手托两家”模式，次均住院费用连续多年保持较低水平，资金结余基本控制在10%以内，既保证了基金安全，又保障了农民利益。
安徽省农村合作医疗管理办公室主任夏北海认为，在两种医保制度的合并问题上，可以采取“大吃小”的原则。在农业人口占大多数的县，可以将城镇居民医保并入新农合，由卫生部门管理。而在城镇居民占多数的市辖区，可以将新农合并入城镇居民医保，由人力社保部门管理。同时，两种制度都应以家庭为参保单位，避免重复参保和漏保，这样才能使“碎片化”的医保制度逐步走向统一。
