《办法》中规定，水产苗种生产实行许可制度。从事水产苗种生产的单位和个人应当取得水产苗种生产许可证，渔业生产者自育、自用水产苗种的除外。未办理水产苗种生产许可证的，不得出售、转让自育水产苗种。水产苗种生产单位和个人申请领取水产苗种生产许可证，应向所在市区海洋与渔业行政主管部门提出申请，由市海洋与渔业行政主管部门审核发证，水产苗种生产许可证有效期为3年。
《办法》中规定，水产苗种生产和运输过程中严禁使用禁用药物和超量使用药物及添加剂。海洋与渔业行政主管部门将组织或委托有资质的质量检验机构对水产苗种质量进行检验，检验不合格的将给予警告并限期整改;整改仍不合格的，收回并注销水产苗种生产许可证。《办法》还规定，单位和个人进口、出口水产苗种，应按规定报经农业部或省海洋与渔业行政主管部门批准。
《办法》中还明确了相关法律责任。凡非法生产、进口、出口水产苗种的，由海洋与渔业行政主管部门没收水产苗种和违法所得，并处5万元以下罚款。未经批准在水产种质资源保护区内从事捕捞活动的，由海洋与渔业行政主管部门责令立即停止捕捞，没收渔获物和渔具，可以并处1万元以下罚款。水产苗种生产和运输过程中使用国家规定禁用药物的，由海洋与渔业行政主管部门给予警告，责令停止使用，没收其药物，可以并处1万元以上5万元以下罚款。构成犯罪的，移送司法机关依法追究刑事责任。
《办法》自2013年12月1日起施行，有效期至2018年11月30日。
