《意见》要求，加大对农村专业合作组织的资金投入力度。各级财政设立农民专业合作组织专项扶持资金，并逐年增加资金规模。同时，加大财银合作力度，通过融资增信、贷款担保等方式，着力解决合作组织融资难、融资贵的问题，形成多元化支持合作组织发展的新格局。
农业补贴向合作组织倾斜。将符合条件的合作组织纳入农业补贴范围，新增补贴资金向合作组织倾斜。对农机合作组织购买农业机械予以优先补贴，加大补贴力度，增加补贴数量。鼓励以合作组织为主体参加农业保险，享受保费补贴。畜牧良种、花生良种、测土配方施肥、土壤有机质提升等补贴政策优先在建立合作组织的区域开展实施。
扶持重点和新型合作组织发展。组织农民专业合作社省级示范社评选创建，开展财政支持合作组织创新试点，支持合作组织创新合作方式，拓展合作领域，延长合作链条，提升核心竞争力，大力发展跨区域联合社和联合会。
增强合作组织发展和服务能力。调整优化相关资金投向，支持合作组织提供农业专业化服务，加快现代农业发展进程。将政府购买的各类服务向合作组织开放，允许其公平参与、平等竞争。支持高等院校、科研院所与合作组织联合开展技术合作，提高合作组织的科技服务水平。
加强合作组织人才队伍建设。将合作组织负责人、管理骨干、财会人员纳入农民培训工程实施范围，支持其到高等院校免费参加培训，力争为每个合作组织培养2-3名经营管理人才、1-2名财会专业人员。以实施农民培训、科普示范工程、农技推广等项目为平台，加大对合作组织成员的培训力度，促进农业先进实用技术到田到户，强化合作组织的人才支撑。
落实税费减免优惠政策。逐步扩大农产品加工增值税进项税额核定扣除试点行业范围，对合作组织符合条件的农业经营性服务业务免征营业税。农民专业合作社享受国家和省有关扶持中小企业、民营经济发展和涉农经济活动的优惠政策。对农民专业合作社销售本社成员生产的农产品，视同农业生产者销售自产农产品，免征增值税。增值税一般纳税人从合作社购进的免税农产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。对合作社向本社成员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免征增值税。对合作社在绿色通道上运输鲜活农产品的车辆，免交车辆通行费。
鼓励合作组织承担项目建设。将具备条件的农业基础设施建设项目交由合作组织承担，小型农田水利设施建设、现代农业生产发展、村级公益事业一事一议、农村道路、农村环境保护等项目允许合作组织申报和实施，加大对合作组织的支持力度。鼓励在农业综合开发土地治理项目中安排资金，由合作组织单独申报承担项目建设。
推动项目资产移交合作组织。财政补助合作组织形成的资产和由合作组织承担实施项目形成的资产，由合作组织依法占有和使用，并平均量化到合作组织成员账户。对政府部门组织实施、由第三方建设且与农民生产生活密切相关的项目，经验收合格后，形成的资产允许移交合作组织，相关资产视同国家补助资产。
完善项目资产管护机制。指导合作组织建立健全支农项目资产运营和管护机制，明晰产权和受益对象，确定管护主体、管护责任和管护资金来源。合作组织接收财政支农项目资产后，对经营性资产，从收益中提取建立管护基金，用于资产管护和折旧；对于农村纯公益性资产，采取村集体和合作组织管护基金各拿一点、财政适当补助一点的方式，筹建资产管护资金。建立奖励机制，将合作组织资产管护情况与评选表彰、项目支持等挂钩，对资产管护好的合作组织予以适当奖励。
