然而，转基因专家的说法是存在大量水分的，无论从理论上，还是实践中，依靠转基因增产都是一个良好的愿望而已。这是因为：
第一，转基因仅占粮食构成要素的八分之一，而非唯一。影响粮食产量的因素包含“水、土、肥、种、密、保、管、工”8个方面，即毛主席强调的农业‘八字宪法’。转基因仅在‘种’上做文章，其它要素则以生态和人为因素为主。由于种地不赚钱，农民不愿意伺候土地，用地不养地，地力下降才是造成粮食产量下降的主要原因。最近30年来，我国耕地退化程度已远超过过去上百年。恢复地力需要大量有机肥还田，并采取精耕细作农耕方式。转基因是在大农药、大化肥、除草剂基础上做“种”的文章，会让人越来越赖，地越种越瘦，并增加了生产成本。
第二，转基因作物并不增产。袁隆平的杂交水稻，从过去的300多公斤/亩，提高到700多公斤/亩，现在逼近900公斤/亩，那才是真增产。转基因品种只是对虫害有所控制而已，其亩产量如果多种几代就越来越低。美国是转基因最多的国家，其技术远比中国先进，但该国粮食总产仅3.63亿吨，远低于中国5.01亿吨；其单产也不行，中国粮食单产为278公斤/亩，美国只有125公斤/亩。美国拥有全球最先进的农业技术包括转基因技术，耕地还比中国多11亿亩，为什么其粮食无论单产还是总产，反而不如中国呢？答案就在于“人”身上而不在“武器”身上。自然界中从来就不存在增产基因，事实上，当面对政协委员的提问时，某转基因专家坦言“转基因不能增产”。
第三，我国粮食产量难以提高的因素在人而不在技术。粮食产量的决定因素，一是单产，二是播种面积。在单产增幅不大的前提下，播种面积或播种季节减少导致产量下降。上世纪50年代，粮食单产很低，多年徘徊在100公斤/亩左右。在这一阶段，决定粮食产量的主导因素是播种面积。1962——1995期间，中国政府加大对农业投入，尤其是实施 “联产承包责任制”后，农民生产积极性大幅度提高，粮食单产迅速增长到283公斤/亩。打那以后，粮食单产增幅变慢，一直徘徊在 300公斤/亩上下，并一度由2006年的314.4公斤下降到2008年的286公斤，重新回到上世纪50年代播种面积决定总产的循环。因此，过去10年中国粮食增产仅为2.5%，不是品种不行，而是农民不愿意种地。
第四，不能回避转基因作物对生态环境带来的风险。生物安全委员会大部分专家来自转基因领域，“干什么的吆喝什么”，其公信力本身就值得怀疑。转基因至少存在三方面的不确定性：一是转基因对生命结构改变后的连锁反应不确定；二是转基因导致食物链“潜在风险”不确定；三是转基因污染、增殖、扩散及其清除途径不确定。在这些确定前提下，我们带头将Bt基因转入13亿人的主食，害莫大焉。DDT刚发明的时候是作为高新技术出现的，发明人还获得了诺贝尔奖，但后来发现其对生态环境造成了巨大破坏，被禁止使用。如果发现农药出了问题，可以不生产，不使用，但转基因生物出了问题，则根本无法控制，所转移的基因根本不会以人的意志为转移。
总之，制约中国的粮食安全问题的主要原因不是技术问题，而是农民不愿意种地，恢复耕地质量乃是比推广转基因作物更为紧迫的任务。转基因作为高技术储备我们可以搞，但进入食物链还是要慎重再慎重。绝不能为了少数人的利益，而牺牲公众利益和子孙后代赖以生存的生态环境。
