进入新世纪后，我们敬爱的袁老感到转基因在育种上的应用越来越紧迫、越来越必要。他着手谋划转基因水稻培育的问题，成立了转基因应用研究室、分子育种研究室，从全国招聘了数十名高级专业人才，其中从张启发院士那里招聘了多名优秀的研究人员，到长沙从事转基因抗虫水稻培育。袁老还把自己的儿子送到香港中文大学专攻转基因技术，并取得了新成果。
的确，袁老对倾注了毕生心血的杂交稻情有独钟，但他从来不因循守旧、固步自封。2005年6月，袁老对湖南日报记者说：“经过30年的发展，常规育种的浑身解数已经用完，要进一步挖掘水稻产量的潜力，必须在生物基因技术上取得新的突破。”他认为，如按常规方法，要实现大面积亩产900公斤的第三期超级杂交稻目标已不可能，其研发必须依靠转基因技术。这番话刊登在2005年6月25日湖南日报的头版，大家可以去查。
为了加快转基因的研究步伐，2005年6月24日，袁老与湖南西城实业集团公司、长沙市科技风险投资公司启动了三方合作，由企业出资，开展破解杂交水稻基因功能密码的重大课题，袁老希望在雄厚的社会资本支持下用转基因技术培育第三期超级杂交稻。2008年，国家启动了转基因生物新品种培育科技重大专项。袁先生承担了“高产转基因水稻新品种培育”的重大项目（项目编号：2008ZX08001-004），每年获得国家的研究经费1000多万元，并在国家转基因生物新品种培育科技重大专项支持下正在建立转基因水稻产业化基地。
很多人只知道袁老是研究杂交稻的，不知道他老人家在转基因领域也取得了很多成果。这里不妨披露一下：
2003年，他指导博士生开展远缘物种基因组DNA导入水稻的研究，将一批外源基因转入水稻。
2005年，他指导团队研究人员通过穗茎注射法，将外缘基因组导入了杂交水稻亲本品系。这项成果发表在《农业科学与技术》（英文版）6卷第3期上。
2006年，他指导团队研究人员在《中国科学》（C辑 生命科学）36卷第4期上发表文章，公布通过基因枪将抗真菌病的基因导入到杂交稻中，获得了抗稻瘟病的材料。文章明确指出，利用基因工程来改良农作物的抗性，可以赋予作物更为全面、广谱、持续、特异的保护作用，而且使用相对较为安全方便，已经成为当今农业发展的一个新方向。
2007年，他指导团队研究人员在《杂交水稻》22卷第6期上发表文章，公布通过基因枪转化法（一种常用的转基因方法）将抗除草剂的Bar基因转入到杂交稻中，获得了具有抗除草剂性能并能稳定遗传的新水稻材料。文章态度鲜明地表达了对政府支持转基因水稻商业化的期盼，指出：只要国家放开转基因水稻的限制，具有抗除草剂性能的转基因水稻将大有发展前途。
华中农大转基因水稻获得安全证书后，社会上出现了不理解和妖魔化转基因水稻的噪音。一些居心叵测之徒竟然造谣说袁老反对转基因水稻。还有人把华中农大张启发院士骂成“汉奸”，袁隆平先生对此非常忧虑、非常生气，说按照这个逻辑，我袁隆平也在搞转基因，也在跟国外合作，也是美国科学院外籍院士，我也是汉奸了？2月6日，他接受新华社记者采访，公开表明支持转基因的鲜明态度。他说：“生物技术是解决国家粮食安全重要出路”，“如果不加强分子育种技术研究，短则5年、长则10年，中国的杂交水稻技术就要落后国际水平了”。他指出：“要进一步提高产量，就必须运用分子技术手段”。他特别强调：“国际上生物技术得到广泛的研究和推广，而且效果很好，目前一些跨国种业公司正在利用生物技术研究杂交水稻，如果不加强生物技术的研究和应用，他们的杂交水稻技术很可能会在短期内超过中国。”他告诉新华社记者：“今后利用生物技术开展农作物育种是农业科技的发展方向和必然趋势，转基因技术是分子技术中的一类，因此必须加强转基因技术的研究和应用，没有技术就没有地位。对待转基因产品，科学慎重的态度并不是拒绝的态度。”
我们希望广大网友明辨是非，认清真相，维护袁隆平院士的声望，不要上某些别有用心的人的当，那些人不仅想诋毁中国自己的转基因水稻，而且还想败坏深受广大人民尊敬的袁隆平院士的形象。(来自天涯社区)
